遗传密码和DNA序列的高维空间数字编码

• 作者: 王自强 邱红霞 陈志义 陈志华 陈惟昌
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 数字编码 DNA序列 遗传密码 高维空间 汉明距离 生物计算机
• 年，卷（期）: 2000,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 760-768
• 页数: 9页
• 分类号: Q617
• 字数: 6567字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2000.04.016

摘要

二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式.用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码,共有24种可能的编码组合,其中8种满足碱基互补法则,它们是拓扑等价的.按碱基分子量大小排列的编码格式:0123/CTAG是最理想的编码格式.用二进制数对DNA的字符序列进行编码,有以下优点: 1)压缩信息冗余度,提高编码效率;2)可以对碱基的结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码; 3)DNA序列的数字编码具有严格的大小顺序,即具有全序性质; 4)DNA数字编码的对称性程度,与遗传密码简并度的对称性一致,并可得出氨基酸遗传密码的高维空间连通性简并法则; 5)可以方便求出任意碱基重复单元的重复系列的数字编码法则; 6)根据高维空间汉明编码距离的定义,可以确定任意多个DNA序列之间的信息距离和它们的交空间和并空间,对DNA序列生物信息学的分析研究有重要意义;7)DNA序列的数字编码可以方便进行各种数学运算和逻辑运算,对促进DNA生物计算机的发展,可有重大推动作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈志华	中日友好临床医学研究所生物化学与分子生物学研究室	34	332	9.0	17.0
2	陈惟昌	中日友好临床医学研究所生物物理研究室	25	248	9.0	15.0
3	邱红霞	中日友好临床医学研究所生物物理研究室	11	163	7.0	11.0
4	王自强	中日友好临床医学研究所生物物理研究室	18	227	9.0	14.0
5	陈志义	中国科学院自动化研究所国家模式识别实验室	4	38	3.0	4.0