对肌肉样品采用SDS/蛋白酶K裂解、酚-氯仿抽提和乙醇沉淀提取总DNA,用线粒体12S rDNA通用引物扩增,用银染测序和ABI Prism 310型遗传分析仪测定了Gekko japonicus, G. swinhonis, G. hokouensis, G. gecko, Cyrtopodion elongatus, C. russowi, Teratoscincus roborowskii, Hemidactylus bowringii, H. frenatus和Gehyra mutilata 10种壁虎的线粒体12S rRNA基因片段的序列。对位排列后的序列长421 bp,含201个变异位点。属间核苷酸变异范围为0.228~0.282,属内是0.005~0.263。重建的分子系统树将10种壁虎聚为三支:第1支是大壁虎和截趾虎;第2支由壁虎属其余的3个种构成一个单系;第三支由其余3个属的5个种组成。研究结果表明:截趾虎与壁虎属4物种亲缘关系较近;吐鲁番沙虎和弯脚虎属2物种、蜥虎属2物种之间的亲缘关系较近,支持Russell(1976)关于弯脚虎属与蜥虎属间进化关系的研究结果而不支持Kluge(1987)将沙虎属另立亚科的系统发生假说;铅山壁虎与无蹼壁虎最先聚为姐妹群,再与多疣壁虎相聚组成一个单系。