DNA序列高维空间-数字编码的运算法则

• 作者: 王自强 邱红霞 陈志义 陈志华 陈惟昌
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: DNA序列数字编码 奇偶性 表现维数 单核苷酸多态性 (SNP) 表达序列标签(EST) 重复序列 DNA序列运算法则
• 年，卷（期）: 2001,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 542-549
• 页数: 8页
• 分类号: Q617
• 字数: 5883字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2001.03.017

摘要

DNA序列的高维空间二进制数字编码,除可以对DNA序列的碱基结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码之外,还可以方便地进行数学运算和逻辑运算.DNA序列高维空间数字编码的运算法则是:(1)根据DNA序列数码的奇偶性质,可以推导出其与末位碱基的对应关系.当DNA序列S的数值X(S)=4n,4n+1,4n+2,4n+3时,其末位碱基依次为C,T,A,G,(n=0,1,2,…).(2)提出DNA序列高维空间的表观维数Nv,数值维数Nx及差异维数Nd的概念.当Nd=0时,首位碱基为A或G,当Nd=2n或2n+1(n=1,2,…)时,首位碱基为(C)n或(C)nT.(3)推导出DNA序列点突变(单核苷酸多态性SNP)的运算法则.(4)推导出DNA重复序列(Tandem repeat)的运算法则.(5)提出DNA子序列(subsequence)的概念并定义DNA子序列的定值部X(digital value)和定位部Q(location value)及其计算公式.(6)推导出DNA序列的延长运算、删除运算、缺失运算、插入运算、转位运算、换位运算和置换运算等的运算法则.(7)通过按位加运算求得DNA序列的汉明距离dh,碱基距离dh′,基团距离dh″和共轭距离dG以及这些距离的意义与联系.(8)分析结果表明DNA序列的数字编码比常规的字符编码在数学运算上具有明显的优越性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈志华	中日友好临床医学研究所生物化学与分子生物学研究室	34	332	9.0	17.0
2	陈惟昌		25	248	9.0	15.0
3	邱红霞		11	163	7.0	11.0
4	王自强		18	227	9.0	14.0
5	陈志义	中国科学院自动化研究所	4	38	3.0	4.0