H3N2亚型人流行性感冒病毒HA1的蛋白序列同源性比较、变异规律及结构与功能的分析

• 作者: 侯云德 王勇 薛颖 金奇 陈淑霞
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 流行性感冒病毒 HA1氨基酸序列 结构与功能 生物信息学
• 年，卷（期）: 2002,（4）
• 所属期刊栏目: 人与动物病毒
• 页码范围: 289-296
• 页数: 8页
• 分类号: R373.13|Q754
• 字数: 7553字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-8721.2002.04.001

摘要

应用生物信息学数据库和工具,结合自身的实验结果,对现有的H3N2亚型人流行性感冒(流感)病毒全球分离株的HA1氨基酸序列和蛋白分子结构进行了分析研究.初步的进化分析结果表明,历史上的分离株大致分为以年代划分为特征的两大谱系,即1968～1984/1985年的谱系,时间跨度为18年;1984/1985～1997/2000年的谱系,时间跨度为13～17年.它们分别起源于两类毒株,并在各自的谱系内发展演化,基本上不存在大规模相互交叉渗透的现象.在1984/1985年,两大谱系发生交替转换和过渡,说明流感病毒的起源、发展和演化是有一定规律性的,这可能对流感的监测预报有一定的指导意义.绝大多数毒株的二硫键组成位点和糖基化位点是极其保守的.受体结合位点(RBS)的一部分构成成份保守;其他构成成份发生变异甚至高变,并与某些抗原决定簇位点重合,可能参与了抗原抗体相互作用.5个抗原决定簇位点的变异各有其特点.A和B位点的变异表现最活跃,抗原性最强,但B位点稍弱于A位点.C和D位点的抗原性一般,且D位点的变异性低于C位点.E位点抗原性一般.在各位置的变异中,大多常是相同相近性质或相同种类的氨基酸相互替换.HA1蛋白全序列的熵(entropy)峰值作图的分析表明,HA1蛋白上121～126位等区域或位点可能独立,或参与构成了某些已知或未知的抗原决定簇位点.这很可能是新发现的或未被鉴定的抗原决定簇位点或其组成.