籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性

• 作者: 刘庆坡 薛庆中 谭军
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 水稻 同义密码子使用偏性 基因表达水平 基因长度 编码区G+C含量 起始编码区 最优密码子
• 年，卷（期）: 2003,（4）
• 所属期刊栏目: 植物与微生物遗传学
• 页码范围: 335-340
• 页数: 6页
• 分类号: Q94
• 字数: 5167字
• 语种: 中文

摘要

利用籼稻品种93-11的全基因组序列及相应的EST数据,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析.指出93-11基因的表达水平(mRNA丰度)与3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著(r=0.227**,0.145**和-0.147**),表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大;基因长度与CAI和CPP极显著负相关(r=-0.413**和-0.480**),与ENC极显著正相关(r=0.210**),暗示较短的基因具有更高的转录活性;编码区G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度,G+C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达0.877**,0.832**和-0.740**;起始编码区内A、T、C、G 4种碱基呈明显的3周期振荡,尤以ATG下游第一个密码子所在的3个位点(+4、+5和+6)偏置最强烈,由此认为在这3个特殊位点有较高的自然选择压存在;93-11中25个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘庆坡	浙江大学农业与生物技术学院农学系	10	177	7.0	10.0
3	薛庆中	浙江大学农业与生物技术学院农学系	86	2472	28.0	47.0
7	谭军		2	48	1.0	2.0