用距离几何算法和同源建模法对水稻类金属硫蛋白(rgMT)的三维结构建模

• 作者: 刘进元 吕暾 张日清 赵南明
• 来源期刊: 植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 距离几何算法 同源建模法 水稻类金属硫蛋白 结构模型
• 年，卷（期）: 2003,（11）
• 所属期刊栏目: 发育与分子生物学
• 页码范围: 1297-1306
• 页数: 10页
• 分类号: Q945
• 字数: 3018字
• 语种: 英文
• DOI: 10.3321/j.issn:1672-9072.2003.11.007

摘要

水稻类金属硫蛋白(rgMT)的两端是高度保守的半胱氨酸富含区的结构域(CR区),中间是不含半胱氨酸的间隔区,呈典型的三段式结构.本研究分别采用距离几何算法和同源建模相结合的方法对水稻类金属硫蛋白进行三级结构建模.在排列出CR区的所有可能的半胱氨酸-金属硫络合的组合方式,并对每一种组合方式给出一定的限制条件后各生成20个随机构象.根据生成的随机构象是否能形成金属硫络合结构,从900个随机构象中最终选出6个构象(N端4种,C端2种组合)作为可能的结构模型.另一方面,采用GOR方法对间隔区进行了二级结构预测,随后用同源建模法对其建模.将上述建成的三部分模型连接起来后形成rgMT的整体三维构象.结果表明rgMT能像哺乳动物MT蛋白一样,可形成两个独立的、在结构和能量上均没有障碍的金属-硫络合结构.介于所有植物类金属硫蛋白都具有典型的三段式结构,其中的一部分还具有与rgMT相同的半胱氨酸排列方式,所以rgMT三维结构模型的建立对于其他植物类金属硫蛋白的结构研究具有重要的参考价值.