卡方检验确定背景序列模型Markov chain的阶数

• 作者: 孙啸 谢雪英 陆祖宏
• 来源期刊: 东南大学学报(英文版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 非编码序列 调控元件 卡方测试 马尔可夫链
• 年，卷（期）: 2003,（4）
• 页码范围: 311-316
• 页数: 6页
• 分类号: Q52
• 字数: 653字
• 语种: 英文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-7985.2003.04.002

摘要

合理建模非编码序列对正确识别DNA序列中的调控元件非常重要.基于卡方统计检验,给出了选用Markov chain模型来模拟序列背景分布的原因及如何确定Markov chain阶数的方法.卡方测试分析模拟数据发现它能有效地确定模型阶数.选择分析啤酒酵母中10类基因的上游序列集发现:所有序列集至少具有一阶以上的上下文相关性,除1组基因外,其余9组数据集具有二阶或三阶的上下文相关性.这说明用高阶Markov chain来建模背景序列比单碱基模型(零阶)更合理.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙啸	东南大学吴健雄实验室	71	488	12.0	20.0
2	陆祖宏	东南大学吴健雄实验室	166	1602	19.0	33.0
3	谢雪英	东南大学吴健雄实验室	6	31	3.0	5.0