基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析

• 作者: 凌伦奖 卜东波 卢宏超 孙世伟 张京芬 张治华 李蔚 狐昱 陈润生 陈燕俊 齐震
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 医学
• 关键词: SARS SARS冠状病毒 冠状病毒 种系进化 传染途径 FDOD
• 年，卷（期）: 2003,（12）
• 所属期刊栏目: 专题：SARS冠状病毒研究
• 页码范围: 1242-1245
• 页数: 4页
• 分类号: R37
• 字数: 3368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2003.12.002

摘要

SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体, 它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成.然而它的起源仍是一个谜.为了探寻SARS冠状病毒的来源, 基于FDOD(function of degree of disagreement)方法, 对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较, 构造出种系进化无根树.结果表明, 这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属, 但它们位于两个不同的进化分支上.冠状病毒属中的3个组被准确地重构.根据得到的结果, 推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒.根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系, 推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支, 这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息.