稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

• 作者: 周晓罡 李成云 李进斌 董爱荣 许明辉
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 关键词: 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
• 年，卷（期）: 2004,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 269-273
• 页数: 5页
• 字数: 4062字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-7216.2004.03.016

摘要

利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果,对该植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析.在已经公布的37.89 Mb的基因组序列中,共有16 398个由1～6个核苷酸为基序的SSR序列(匹配值为80%),其总长度占整个基因组碱基数的0.87%,平均2.31kb碱基中就分布有1个大于15 bp的SSR.其中数量最多的是单碱基重复,达到4 392个,其次为三碱基重复序列(3 586个),五碱基重复序列(3 442个),这3种SSR总数达11420个,占SSR的69.7%.数量最少的是二碱基重复序列,只有680个.在整个基因组中的主要基序有A,AG,AC,ACG,AGC,AAG,GGC,ACCT,ATCC,AAAG,AAAAG,AAAAT,AAAAC,AAAAAG,AAAAAT和AACTAG.有的基序类型则完全没有出现.对不同超级连锁群的分析结果表明,各连锁群之间的SSR分布有一定差异,但总体上仍是较为均衡的.这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李进斌	云南省农业科学院植物保护研究所	34	504	14.0	22.0
2	李成云		1	35	1.0	1.0
3	周晓罡		1	35	1.0	1.0
4	董爱荣		1	35	1.0	1.0
5	许明辉		1	35	1.0	1.0