选取黄河流域棉区的72个抗病品种和长江流域棉区的29个抗病品种,利用AFLP技术对其进行了遗传多样性分析.结果20对具有多态性的AFLP引物组合在黄河流域棉区的72个品种和长江流域棉区的29个品种上分别扩增出200条和127条多态性带,利用SPSS(11.0)软件计算得到品种之间的平均欧氏距离为4.356(黄河流域棉区)和4.391(长江流域棉区).在阈值取15.2时,可以将黄河流域棉区的72个品种划分为4个类群(the Huanghe valley groups, abbreviate HVGs),即HVG1、HVG2、HVG3和HVG4,分别包括27、19、10和16个品种;长江流域棉区的29个品种被划分为4个类群(the Changjiang valley groups,CVGs),即CVG1、CVG2、CVG3和CVG4,分别包括14、4、5、和6个品种.通过比较两棉区品种成对欧式距离的最大值、最小值、平均值及成对欧氏距离的区间分布和累积百分率,表明来自黄河、长江流域两棉区的品种遗传多样性水平相近.