基于株高性状的玉米EST序列与水稻基因组的比较研究

• 作者: 严建兵 李建生 汤华 王毅 郑用琏 黄益勤
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 玉米 分子标记 比较基因组 水稻数据库
• 年，卷（期）: 2004,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 657-667
• 页数: 11页
• 分类号: S513
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0496-3490.2004.07.005

摘要

从已公布的玉米分子标记中,挑选出均匀覆盖玉米全基因组、平均间距小于10 cM的224个SSR和RFLP分子标记,从NCBI上查找这些标记所在的玉米EST或基因的原始序列,逐一与水稻数据库的序列信息进行同源性比较.结果表明:在PN<1e-5水平上,从水稻数据库中共找到16 939段同源序列,平均每段玉米的序列可以在水稻数据库中找到75.6段同源序列;在PN<1e-10水平上,一共找到7 853段同源序列,将其中2 729段序列与水稻的物理图谱和分子标记连锁图进行比对定位,最终将896段同源序列整合在水稻分子标记连锁图上,形成了在序列水平上的玉米和水稻的比较基因组图谱.基于这一图谱,对已定位的玉米和水稻株高QTL的分子标记进行了比较基因组的定位分析.10个玉米株高QTL紧密连锁的18个分子标记中有10个标记在与之同源的水稻染色体区域也定位了控制水稻株高的QTL或基因,暗示有相当一部分控制玉米和水稻株高的QTL是同源的.但进一步的分析表明,玉米与水稻基因组的连续共线性区域可能低于预期估计;在此基础上提出了一种利用水稻基因组数据进行禾本科植物比较基因组,发掘新分子标记和克隆大基因组植物基因的策略.