利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定

• 作者: 于志刚 刘东艳 李荣秀 甄毓 苟万里 辛泽毓
• 来源期刊: 中国海洋大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: rDNA ITS 裸甲藻 序列相似性 系统树 共生甲藻 浮游植物
• 年，卷（期）: 2004,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 75-83
• 页数: 9页
• 分类号: Q178.53
• 字数: 4253字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5174.2004.01.006

摘要

测定了1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属(Gymnodinium sp, 编号为GYN-15)的核糖体基因(rDNA)和转录单元内间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS)序列,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定.测定的序列长2 658 bp,涵盖了小亚基(small subunit, SSU) rDNA基因3'端1 747 bp,ITS1-5.8S rDNA-ITS2全长和大亚基(large subunit, LSU) rDNA基因5'端337 bp.同源性分析该序列发现GYN-15与共生甲藻属(Symbiodinium)中的2个种(Symbiodinium californium和Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性;3株藻的各段rDNA和ITS序列的相似性均为99%以上;以SSU rDNA序列中的3个可变区(V1+V2+V3)和邻接法构建的系统树表明,GYN-15与S. californium和G. varians构成1个独立的新的子类群,该子类群属于共生甲藻属,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远.根据这些结果可将GYN-15初步鉴定为属于共生甲藻属.鉴于GYN-15和其它2个种所构成的分支明显与5个已知的子类群(A,B,C,D,E)不同,因此将该分支命名为子类群F.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于志刚	中国海洋大学化学化工学院	75	1505	23.0	35.0
2	刘东艳	中国海洋大学海洋生命科学院	26	1479	19.0	26.0
3	李荣秀	中国科学院上海生命科学研究院上海生物工程研究中心	14	114	7.0	10.0
4	甄毓	中国海洋大学海洋生命科学院	26	219	9.0	14.0
5	苟万里	中国科学院上海生命科学研究院上海生物工程研究中心	1	23	1.0	1.0
9	辛泽毓	中国科学院上海生命科学研究院上海生物工程研究中心	2	37	2.0	2.0