肝癌相关基因单核苷酸多态性基因芯片制备与检测分析

• 作者: 倪虹 刘岩雪 宋文芹 王娟 陈力 陈成彬
• 来源期刊: 中华检验医学杂志
• 关键词: 肝癌 多态性,单核苷酸 基因芯片
• 年，卷（期）: 2004,（10）
• 所属期刊栏目: 新技术与新方法
• 页码范围: 649-652
• 页数: 4页
• 字数: 2913字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:1009-9158.2004.10.009

摘要

目的研制肝癌多种相关基因芯片,进行肝癌组织中基因编码区单核苷酸多态性(cSNP)检测分析研究.方法选取定位于肝癌高频缺失区的基因,经NCBI dbSNP数据库查询,获得基因cSNP序列,且根据多态位点设计寡核苷酸探针,制备成含25个肝癌相关基因的48个cSNP芯片.并对10例肝癌患者cSNP进行检测分析,而对7例患者的部分检测结果用聚合酶链反应-单链构象多态性法(PCR-SSCP)和测序进行验证.结果芯片检测的灵敏度为6×10-3 ng/μl,检测重复率高于95.83%,随探针浓度降低,杂交信号逐渐减弱.10份肝癌患者组织中,检测到半胱氨酸酶caspase9 ( rs2308941) C→T多态性和停泊蛋白DOK2(rs2242241)T→G各7份,表皮生长因子类似物EGFL3(rs947345)A →G多态性、caspase9 (rs2308938)C→G多态性和磷酸甘油酸盐脱氢酶PHGDH(rs1801955)T→A多态性各6份,启动子结合因子E2F2(rs3218170) G→A多态性5份,DNA切除修复糖基化酶MUTYH(rs1140507)T→C和胞内蛋白BNIP3L(rs1055806)G→T多态性4份,肿瘤坏死因子家族成员TNFRSF1B (rs1061622)T→G多态性1份.经PCR-SSCP检测,7例肝癌患者有多态性单链迁移率改变.选取有caspase9 ( rs2308941G)与( rs2308941A)的样本分别连接pBS-T载体,转化DH-5α菌株,挑取的阳性克隆测序结果证实,该基因中有多态位点A的存在.结论成功制备了肝癌相关基因cSNP基因芯片,为肝癌多态性标记的检测奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋文芹	南开大学生命科学学院	90	1661	22.0	38.0
2	陈力	南开大学生命科学学院	25	343	10.0	18.0
3	倪虹	南开大学生命科学学院	38	460	12.0	20.0
4	陈成彬	南开大学生命科学学院	49	507	14.0	21.0
5	刘岩雪		5	39	4.0	5.0