绝大多数印记基因成簇地分布在很大的染色体区域,在发育过程中起着十分重要的作用.印记基因等位位点专一性的抑制是由印记控制区(imprinting control region, ICR)所调控的,通常是等位位点一方的ICR发生甲基化.在配子形成过程中,非组蛋白和邻近的序列会影响这种差别甲基化.DNA的甲基化、组蛋白的修饰以及多梳状体蛋白对于印记的维持十分重要.不同印记区的印记调控的方式是不同的.在某些区域ICR组装成绝缘子,干扰启动子和增强子的相互作用,而在另一些区域中涉及到了非编码RNA,印记调控以一种与X染色体失活机制类似的方式进行.