Smith-Waterman算法在脉动阵列上的实现及分析

• 作者: 唐志敏 汪冬
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: 脉动式阵列 共享寄存器 序列比对 Smith-Waterman算法
• 年，卷（期）: 2004,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与技术报告
• 页码范围: 12-20
• 页数: 9页
• 分类号: TP302
• 字数: 10127字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0254-4164.2004.01.002

摘要

Smith-Waterman算法是一种经典的序列比对算法,在双序列比对的情况下具有比较好的性能,但是在大规模的序列比对时,其性能并不能令人满意.脉动式阵列和Smith-Waterman算法有比较好的吻合性.该文通过在龙芯1号处理器上附加一个脉动式阵列的协处理器,构建了硬件模型.通过模拟器的验证,附加了协处理器的龙芯1号的性能与没有附加协处理器时的性能之比接近于线性.该文最后根据硬件模型和模拟器的性能数据,具体分析了系统各个方面对性能提高的影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐志敏	中国科学院计算技术研究所	57	942	17.0	29.0
2	汪冬	中国科学院计算技术研究所	4	16	1.0	4.0