粳稻叶绿体基因组的密码子用法

• 作者: 刘庆坡 薛庆中
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 水稻 叶绿体基因组 密码子使用 对应分析 基因表达水平 G+C含量
• 年，卷（期）: 2004,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1220-1224
• 页数: 5页
• 分类号: S511
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0496-3490.2004.12.008

摘要

基因组密码子使用受多种因素的影响,本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种"日本晴"叶绿体全基因组序列密码子用法的效应.结果指出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关(r = 0.785**和-0.804**),而CAI与GC3s高度负相关(r = -0.917**);说明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素,并且高表达的基因强烈偏好使用以T或A结尾的密码子.基因编码区碱基组成的影响力远不及基因的表达水平,G+C含量与ENC、CAI以及第一条向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.344**、-0.422**和-0.421**;相关性测验和方差分析均表明基因长度对密码子的使用影响不大,估计与那些编码未知功能的ORFs的存在有关;复制转录对密码子的使用没有明显的选择.将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了TGT和GAA等12个密码子为叶绿体基因组的主要偏爱密码子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘庆坡	浙江大学农业与生物技术学院农学系	10	177	7.0	10.0
2	薛庆中	浙江大学农业与生物技术学院农学系	86	2472	28.0	47.0