从大豆疫霉菌ESTs中发掘SSR标记

• 作者: 朱振东 武小菲 王晓鸣 霍云龙 黄俊斌
• 来源期刊: 科学通报
• 关键词: 表达序列标签 SSR标记 大豆疫霉菌 大豆
• 年，卷（期）: 2004,（17）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 1749-1754
• 页数: 6页
• 字数: 4580字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2004.17.011

摘要

通过对5800条大豆疫霉菌EST进行电子查询,在369条EST中发现415个SSR.在筛选的EST序列中SSR平均密度为每8.9kb含有1个SSR.在鉴定的SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占鉴定总数的50.1%,四核苷酸重复基元的SSR类型最少,为8.2%.设计40个SSR引物对对5个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR扩增,有33个引物对扩增出SSR特征条带,其中有28个引物对扩增出在预期片段大小范围之内的条带.在33个功能性引物对中,有15个引物对在5个大豆疫霉菌菌株间扩增出多态性,多态性引物对占45.5%.基于SSR标记进行聚类分析,可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为不同的3个组.本研究建立了大豆疫霉菌的SSR标记,为大豆疫霉菌及相关属种的鉴定、遗传变异、分子作图等研究提供了一种更加有效的分子标记系统.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱振东	中国农业科学院作物品种资源研究所	37	896	18.0	29.0
2	黄俊斌	华中农业大学植物保护系	46	469	13.0	19.0
3	王晓鸣	中国农业科学院作物品种资源研究所	54	1125	18.0	32.0
4	武小菲	中国农业科学院作物品种资源研究所	10	298	9.0	10.0
5	霍云龙	中国农业科学院作物品种资源研究所	4	92	3.0	4.0