一种基于结构域的蛋白质功能分类预测新方法

• 作者: 俞晓晶 李亦学 林建成 石铁流
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质功能预测 最大似然估计 期望最大化 结构域
• 年，卷（期）: 2004,（20）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 2072-2077
• 页数: 6页
• 分类号: Q5
• 字数: 5805字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2004.20.010

摘要

从已知的蛋白质序列数据出发, 预测蛋白质的功能是生物信息学研究的一项重要任务. 常见而有效的一种方法是将蛋白质按照其序列特征归并到不同的功能类中去. 据此应用最大似然估计(MLE)算法, 我们发展了一种以蛋白质结构域组成特征为基础的方法, 对蛋白质进行功能分类. 运用此方法及根据文献发展的另一种方法对酵母(Saccharomyces cerevisiae)基因组进行了预测, 并对2种方法进行了比较. 结果表明, MLE方法预测明显优于另一种方法. MLE方法的特异性达到75.45%, 敏感性达到40.26%, 也说明结构域是蛋白质的一个重要特性, 它与蛋白质的功能紧密相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李亦学	中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心	13	287	7.0	13.0
2	石铁流	中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心	8	207	7.0	8.0
3	俞晓晶	中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心	1	7	1.0	1.0
7	林建成	中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心	1	7	1.0	1.0