磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法.本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记.将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400~900 bp片段,连上接头,构建"基因组PCR文库".用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段.将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记.本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86.36%含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列.用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物83对.