水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较

• 作者: 张晓峰 薛庆中
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 水稻 拟南芥 NBS-LRR基因 密码子用法
• 年，卷（期）: 2005,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 596-602
• 页数: 7页
• 分类号: S511
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0496-3490.2005.05.012

摘要

应用软件CodonW,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族的最优密码子分别为25和16种.NBS-LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS-LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大.同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性.水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子.密码子中位于第一、三位的G+C含量明显高于第二位的G+C的含量.最适密码子使用频率Fop (frequency of optimum codons )与基因的G+C含量、第三位密码子的G+C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛庆中	浙江大学农业与生物技术学院农学系	86	2472	28.0	47.0
5	张晓峰	浙江大学农业与生物技术学院农学系	32	423	10.0	20.0