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人类群体遗传空间结构的"克立格"模型
人类群体遗传空间结构的"克立格"模型
作者:
李国荣
王洁贞
胡平
薛付忠
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
空间遗传异质性
空间遗传结构
空间遗传变异函数
"克立格"模型
地图
HLA-A
摘要:
通过将"克立格"技术应用于人类群体遗传学领域,构建了人类群体遗传空间结构的"克立格"模型,并论述了其原理和计算方法.以HLA-A 基因座为例,应用"克立格"模型,定量分析了中国人群HLA-A 基因座的空间遗传异质性;对HLA-A基因频率的空间数据矩阵进行了主成分分析,进而定义了人类群体遗传结构的综合遗传测度(SPC),绘制了综合遗传测度和主成分(PC)的"克立格"地图,分析了其群体遗传空间结构特性.与其他空间插值或平滑方法相比,人类群体遗传空间结构的"克立格"模型具有明显优点:1)"克立格"估计以空间遗传变异函数模型为基础,在绘制空间遗传结构地图之前,可利用变异函数模型定量分析所研究基因座(或多基因座)的空间遗传异质性;2)"克立格"插值方法是真正意义上的无偏估计模型,它利用待估区域周围的已知群体遗传调查点数据,并充分考虑调查点的空间影响范围,给出待估区域的最优估计值;3)"克立格"模型允许估计插值误差,这种插值误差既可用于评价空间估计效果,又可通过绘制误差地图指导在误差过高的地点增加新的群体遗传调查样本点,以优化估计效果.然而,人类群体遗传空间结构的"克立格"模型也存在一定缺点:1)若不能用任何理论遗传变异函数模型拟合观察遗传变异函数值,则不能建立"克立格"模型;2)若理论遗传变异函数的拟合优度很低,则据此建立的"克立格"模型的估计标准差在整个空间范围内会很大,此时"克立格"模型不适用于估计群体遗传空间结构.出现上述两种情形时,应选用不考虑空间相关性的空间随机插值方法绘制群体遗传结构地图,如基因绘图软件中的Cavalli-Sforza方法,反向距离加权法和条样函数插值法等.
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内容分析
文献信息
引文网络
相关学者/机构
相关基金
期刊文献
内容分析
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关键词热度
相关文献总数
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文献信息
篇名
人类群体遗传空间结构的"克立格"模型
来源期刊
遗传学报
学科
医学
关键词
空间遗传异质性
空间遗传结构
空间遗传变异函数
"克立格"模型
地图
HLA-A
年,卷(期)
2005,(3)
所属期刊栏目
人类遗传学
研究方向
页码范围
219-233
页数
15页
分类号
R394.5|Q987
字数
1332字
语种
中文
DOI
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
王洁贞
山东大学流行病学与医学统计学研究所
90
883
14.0
22.0
2
胡平
山东大学流行病学与医学统计学研究所
42
291
10.0
13.0
3
李国荣
8
37
5.0
6.0
4
薛付忠
山东大学流行病学与医学统计学研究所
126
878
15.0
21.0
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引证文献(1)
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引证文献(0)
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空间遗传结构
空间遗传变异函数
"克立格"模型
地图
HLA-A
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研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
遗传学报
主办单位:
中国遗传学会
中国科学院遗传与发育生物学研究所
出版周期:
月刊
ISSN:
1673-8527
CN:
11-5450/R
开本:
出版地:
北京市朝阳区北辰西路1号院2号,遗传与发育生物学研究所
邮发代号:
创刊时间:
语种:
eng
出版文献量(篇)
2447
总下载数(次)
4
总被引数(次)
78032
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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