生物多序列比对的并行算法

• 作者: 施保昌 王能超 陈宁涛
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 多序列比对 并行算法 星型比对模型
• 年，卷（期）: 2005,（10）
• 所属期刊栏目: 分布与并行计算算法及其在科学与工程中的应用
• 页码范围: 118-119
• 页数: 2页
• 分类号: TP3
• 字数: 2163字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386X.2005.10.047

摘要

多序列比对是生物信息学中的基本问题.由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要.研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出了一种并行算法,并对大量基因数据进行了测试,结果表明对于大规模的多序列比对,算法能达到较高的加速比.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王能超	华中科技大学并行计算研究所	58	640	17.0	23.0
2	施保昌	华中科技大学并行计算研究所	60	509	12.0	19.0
3	陈宁涛	华中科技大学计算机科学与技术学院	6	74	4.0	6.0