一种基于Summary的改进型BLASTN算法

• 作者: 李善平 王焕龙 马天驰
• 来源期刊: 农机化研究
• 学科: 工学
• 关键词: 计算机软件 生物信息学 理论研究 BLAST Bloom Filter
• 年，卷（期）: 2005,（3）
• 所属期刊栏目: 理论研究与探讨
• 页码范围: 123-127
• 页数: 5页
• 分类号: TP3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-188X.2005.03.044

摘要

BLASTN是生物信息学实验中常用的局部相似性搜索软件.为此,提出了一种以Bloom Fi lter为基础的算法,用于对BLASTN中的Seed Finding进行改进,以提高BLASTN的整体效率.该算法对原数据库文件制作Summary,在搜索过程中通过查询Summary以回避大量无效的匹配工作,并对算法的各方面进行分析,给出测试结果.