Tandem repeat查找方法比较

• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: Tandem repeat LZ分解 后缀树
• 年，卷（期）: 2005,（10）
• 所属期刊栏目: 人工智能与图像处理
• 页码范围: 172-175,192
• 页数: 5页
• 分类号: TP3
• 字数: 5368字
• 语种: 中文

摘要

Tandem repeat在基因组成和进化中起到非常重要的作用,查找和分析Tandem repeat已经成为当前生物信息学的一个前沿领域和研究焦点.目前在这一研究领域存在多类解决方法,主要有基于LZ分解技术的方法和最近兴起的基于后缀树索引的方法.本文选取了两种时间复杂度达到O(nlogn)数量级的代表性的方法,对这两种方法进行了全面的综述,并对它们的性能进行了系统的比较和分析.