抑郁症相关基因数据库的构建

• 作者: 孙金立 李广德 梁蜀忠 王栋
• 来源期刊: 中国临床康复
• 学科: 医学
• 关键词: 抑郁症/病因学 抑郁症/心理学 分子生物学 基因 结构 数据库
• 年，卷（期）: 2005,（32）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 30-31
• 页数: 2页
• 分类号: R749.4
• 字数: 2441字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1673-8225.2005.32.015

摘要

目的:对与抑郁症相关基因和蛋白质数据进行系统的整理和分析,建立有别于目前通用的格式复杂、庞大的生物信息数据库,提供抑郁症相关基因的数据检索.方法:于2003-09/2005-04在第四军医大学图书馆建立本数据库.①基本数据源:运用网络查询软件Entrez以"depression"、"depressive"、"de-press"等为关键词对2005-03-22以前的PubMed等文献数据库进行检索,通过二次检索得出与基因、遗传等相关文献,结合Genbank、Swissport等数据库得出抑郁症相关基因和相对应蛋白质.并据此建立抑郁症相关基因数据库的数据模型.②开发环境:采用Microsoft SQL Server,Web发布开发环境采用Microsoft FrontPage、Microsoft Internet Server(IIS)5.0以及ASP技术实现Web网页和服务器端数据库的数据绑定,通过Web页面进行数据录入、修改和查询.结果:①确定了88个抑郁症相关基因.抑郁症相关基因在染色体上的分布是不均匀的:其中抑郁症相关基因在1号染色体上的分布最多,其次是2,6,11号;在14,21,22号以及人Y染色体上尚未见抑郁症相关基因.1p12含有抑郁症相关基因最多,共含有Ta2,Ta3,Ta5,Ta6,Ta7,Ta8,Ta9,Ta10,Ta12,Ta13,Ta14,Ta15,TRAR4基因.②数据库主要对访问用户提供查询和浏览两种功能.用户可通过基因标识、基因名称、染色体定位等检索查询数据库中的数据.浏览功能主要针对那些对生物信息不太熟悉的初级用户和数据库的一般访问用户提供数据库中全部数据的浏览服务,其内容与查询结果显示相同.③数据库总体上是基于关系型数据库模式构建,主要包括基因表、蛋白表、序列库、参考数据库、参考文献等实体表以及描述各表之间关系约束的关系表.④Web发布使用,将网络上的生物信息进行本地化的存放和管理;实现抑郁症相关基因数据的网上共享.结论:通过对现有信息的整理,建立了一个与抑郁症相关基因的二级数据库,可以为研究抑郁症的科研人员提供经过加工整理的数据,方便使用,提高检索相关信息的效率.