一株高度变异的中国SV40分离株的全基因组序列分析

• 作者: 严冬梅 张勇 李兆祥 许文波 赵溯 黄文丽
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: SV40 全基因组序列测定 高度变异
• 年，卷（期）: 2006,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 11-16
• 页数: 6页
• 分类号: R373.9
• 字数: 4101字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-8721.2006.01.003

摘要

对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定.覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序,与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树.结果显示:基因组全长5125bp,基因组构成与其它SV40毒株相似,均有6个开放读码框架和1个调控区.YNQD38与已被证实高度保守的其它SV40比,全基因组核苷酸同源性仅为91.0%.在SV40的保守区VP1、VP2、VP3、小t抗原(t-ag)和部分大T抗原(不包括大T抗原C末端)区,YNQD38与其它SV40之间核苷酸同源性分别为90.7%～91.1%、 91.7%～92.0%、90.2%～90.8%、92.8%～93.3%、88.5%～89.7%.在SV40的可变区大T抗原C末端(T-ag-C)编码区,YNQD38同源性更低,仅为65.7%～74.3%.YNQD38发生在保守区的核苷酸变异多为无义突变,而发生在变异区的核苷酸变异多为有义突变.YNQD38的调控区缺少一个完整的72bp增强子,这种特别的调控区的结构以前未见报道.基于整个基因组构建的进化树显示该株病毒形成了一个独特的组.以上结果表明YNQD38是目前报道的SV40中变异最大的一株,而且也是第一株被完整测序的SV40中国株.这个报道不仅为SV40中国株的基础研究提供了一个完整清楚的分子生物学资料, 还对这样一株高度变异的SV40能否成为人类致病因子进行了初步探讨.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张勇	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	91	641	13.0	22.0
2	李兆祥		38	155	8.0	10.0
3	许文波	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	111	635	13.0	21.0
4	黄文丽		69	366	11.0	14.0
5	严冬梅	中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所	20	29	4.0	5.0
6	赵溯		28	123	7.0	9.0