凝血酶适体DNA四螺旋构象去折叠机制的NMR研究

• 作者: 刘买利 刘惠丽 毛希安 蒋滨
• 来源期刊: 波谱学杂志
• 学科: 物理学
• 关键词: NMR 去折叠机制 交换速率 凝血酶适体DNA 四螺旋体 TGT loop环 Ttloop 环
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 页码范围: 161-168
• 页数: 8页
• 分类号: O482.53
• 字数: 3645字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4556.2006.02.002

摘要

凝血酶适体DNA[thrombin binding DNA aptamer d(G1 G2 T3 T4 G5 G6 T7 G8 T9 G10 G11T12T13G14G15),TBA]是对凝血酶有极高亲和性、并能有效抑制凝血酶凝血功能的单链DNA适体.凝血酶适体DNA在K+等离子存在时呈现出椅式构象,其中2个堆积的四碱基体(G-quartet)构成椅子的主体部分,而1个TGT loop环和2个TT loop环分别构成椅子的靠背和椅脚.我们测定了在K+存在时凝血酶适体DNA中亚氨基质子的交换速率,发现位于TGTloop环和TTloop环内的亚氨基质子G6、G5和G14由于受TGTloop环和TTloop环的保护有比较小的交换速率,而位于环之外的亚氨基质子G2、G11和G15有较大的交换速率;TGTloop环稳定性同TT loop环相似;碱基T4、T13和T9在稳定凝血酶适体DNA结构中起着很大的作用.这些证据进一步支持了凝血酶适体DNA的去折叠机制:位于TGT loop环和TTloop环之外的碱基对G1-G15、G2-G14和G5-G11首先断裂其Hoogsteen氢键,而TGT loop环、TT loop环和其内的Hoogsteen氢键保持完好;当温度进一步升高时,TGT loop环和两个TT loop环打开环状结构,凝血酶适体DNA的椅式构象彻底解体,转变为自由单链.