籼稻93-11和粳稻日本晴DNA插入缺失差异片段揭示的水稻籼-粳分化

• 作者: 仇吟秋 刘晶 卢宝荣 宋志平 蔡星星 赵伟
• 来源期刊: 复旦学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 亚洲栽培稻 InDel引物 籼-粳分化 品种鉴定
• 年，卷（期）: 2006,（3）
• 页码范围: 309-315
• 页数: 7页
• 分类号: Q941+.2
• 字数: 5841字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0427-7104.2006.03.007

摘要

碱基的插入/缺失(InDel)引起DNA序列变化并形成了DNA片段长度多态,可以用作遗传标记.为了评价基于籼稻93-11和粳稻日本晴全基因组序列比对获得的差异片段而设计的InDel引物在鉴定籼稻和粳稻两种生态型以及研究稻属不同物种之间亲缘关系的意义,采用45对InDel引物,对来自亚洲10个国家的49份籼稻、43份粳稻品种和24份野生稻进行了检验.结果表明,其中41对InDel引物鉴定籼稻或粳稻品种的准确率高于80%.主成分分析散点图显示: 籼稻与粳稻存在明显的遗传分化;含AA基因组的野生稻物种与籼稻品种存在较近的亲缘关系;非AA基因组的野生稻物种不存在明显的籼-粳分化.并且证明了基于籼稻93-11和粳稻日本晴全基因组序列比对获得的InDel差异片段设计的引物可以用于栽培稻籼稻和粳稻品种的鉴定以及籼-粳分化问题的研究,及探索稻属不同物种间的亲缘关系.