基于二分频率变换的序列相似性查询处理技术

• 作者: 徐恒宇 王国仁 葛健 郑若石
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 序列相似性查询 范围查询 编辑距离 生物信息学
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 模式识别与人工智能
• 页码范围: 232-241
• 页数: 10页
• 分类号: TP18
• 字数: 10705字
• 语种: 中文

摘要

作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王国仁	东北大学信息科学与工程学院	228	2804	25.0	45.0
2	葛健	东北大学信息科学与工程学院	3	28	3.0	3.0
3	徐恒宇	东北大学信息科学与工程学院	2	19	1.0	2.0
4	郑若石	东北大学信息科学与工程学院	2	19	1.0	2.0