水稻第6染色体S5区重叠群构建、基因注释与OS-APH的克隆分析

• 作者: 何炎明 冯冬茹 刘兵 戚康标 王宏斌 王金发 黎茵
• 来源期刊: 中山大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 水稻Oryza sativa L. S5座位 基因注释 酰肽水解酶 重叠群
• 年，卷（期）: 2006,（6）
• 页码范围: 67-71
• 页数: 5页
• 分类号: Q751
• 字数: 4590字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0529-6579.2006.06.015

摘要

以通过图位克隆所获得的Cosmid克隆R2I19序列信息为基础,构建了一个长为586kb的粳稻第6染色体S5座位的BAC重叠群(JS5-BC).通过生物信息学方法,对JS5-BC进行了基因注释,确定该区域含有46个基因位点.经功能预测,JS5-BC重叠群中存在3个主要的基因家族,分别是木葡聚糖岩藻糖基转移酶、脂酶和黄素氧化还原酶.JS5-BC中注释基因的一个显著特点是功能相关基因密集存在,如与植物细胞壁的合成代谢相关的3个基因、与呼吸链能量代谢的黄素氧化还原酶的4个基因等都是如此.为了验证基因注释的可靠性,克隆了广亲和品种Cp17品种的OSAPH基因的cDNA,并检测了该基因的表达模式,为注释基因提供了分子证据.