家蚕硒蛋白组的计算机识别

• 作者: 刘琼 夏庆友 姜亮 徐辉碧 段军 赵萍 陈平
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蚕硒 硒蛋白 基因组 硒代半胱氨酸
• 年，卷（期）: 2006,（21）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 2505-2511
• 页数: 7页
• 分类号: Q96
• 字数: 5396字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2006.21.009

摘要

硒是一种生物必需微量元素,主要以硒蛋白形式发挥生物学功能.硒蛋白的生物合成取决于硒代半胱氨酸插入蛋白质的合成过程.TGA码既是终止码,又可翻译成硒代半胱氨酸,这使普通基因注释软件无法正确预测硒蛋白,导致现有数据库中许多物种的硒蛋白被错误注释或丢失.本研究基于已公布的家蚕基因组预测信息、采用PERL语言编程,对家蚕基因组中硒蛋白进行了计算机检索与分析.结果表明,在家蚕数据库18510个已注释基因中,以TGA码终止的基因有6348条,其中含有SECIS结构的基因249条,兼含半胱氨酸同源类似物的基因52条.再经硒代半胱氨酸(Sec)侧翼序列比对,最终检索到完全具备硒蛋白特点的基因5条,其中谷胱甘肽硫转移酶(GST)是一种已知微生物硒蛋白,而其他4种则是新硒蛋白,分别在已有基因表中被注释为CG6024蛋白,CG5195蛋白,ATP-结合盒转运蛋白A型(ABCA)和核VCP相似蛋白.通过对GST,ABCA和VCP主要性质的分析,推测家蚕硒蛋白在氧化调节、硒储存运输和细胞凋亡等过程中起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘琼	深圳大学生命科学学院	24	128	6.0	11.0
2	徐辉碧	华中科技大学化学系	150	2906	30.0	48.0
3	夏庆友	西南大学农业部蚕桑重点实验室	103	602	14.0	20.0
4	赵萍	西南大学农业部蚕桑重点实验室	33	235	9.0	14.0
5	陈平	西南大学农业部蚕桑重点实验室	17	154	6.0	12.0
8	姜亮	深圳大学生命科学学院	7	13	2.0	3.0
12	段军	西南大学农业部蚕桑重点实验室	2	9	2.0	2.0