粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析

• 作者: 业艳芬 刘林 周晓罡 张绍松 李成云 李进斌 杨静 苏源 赵之伟
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: 粗糙脉孢菌 信号肽 分泌蛋白
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 200-207
• 页数: 8页
• 分类号: Q936
• 字数: 5774字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-9772.2006.02.014

摘要

利用信号肽预测软件SignalP v3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI-锚定位点预测软件big-PI Predictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(open reading frame,ORF)为252 bp,最大为6 604 bp,平均1 433 bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间.在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能.这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务.