哺乳动物驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定

• 作者: 刘丹 周庆 姚雪彪 窦震 符传孩 薛宇
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 驱动蛋白 比较基因组学 CENP-E 全长驱动蛋白预测方法(FKPP)
• 年，卷（期）: 2006,（14）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 1654-1665
• 页数: 12页
• 分类号: Q95
• 字数: 10761字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2006.14.007

摘要

提供了一种新颖的、基于比较基因组学方法的全长驱动蛋白预测方法(full-length kinesin prediction program,FKPP),用于哺乳动物中驱动蛋白质组的鉴定与研究.之前的预测认为,哺乳动物共含94个驱动蛋白,而用FKPP从哺乳动物的基因组中总共鉴定出134个可能的驱动蛋白基因.基于数据库中存在的片段序列,用FKPP鉴定出25个可能的全长驱动蛋白.此外,用FKPP方法发现人的动点马达蛋白CENP-E应包含2701个氨基酸,而不是当初根据克隆预测的2663个氨基酸.通过对CENP-E的cDNA进行重测序,并同时采用特异性识别FKPP预测的CENP-E多肽抗体予以实验评估,结果表明,FKPP预测的CENP-E氨基酸序列是正确的.为此,本研究利用FKPP对哺乳动物的驱动蛋白进行了重新分类.鉴于目前公共数据库含有较多非全长序列的蛋白片段,FKPP可提供一个具有显著效率且准确新颖的全长序列预测手段,用于驱动蛋白以及其他蛋白家族的分子鉴定.