一种DNA测序纠错算法

• 作者: 张华 王小川 郑纬民
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 纠错 序列拼接 DNA测序 欧拉超路 合并变换
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 算法设计与分析
• 页码范围: 193-199
• 页数: 7页
• 分类号: TP391
• 字数: 4430字
• 语种: 中文

摘要

提出了一种新的测序纠错算法.该算法在对测序数据拼接之前对其进行检查,找出并修正测序序列中的错误.该算法将测序数据映射成欧拉超路,并通过一种称为合并变换的等价变换,通过一系列规则的限制和引导,动态地对欧拉超路进行简化.在此过程中,该算法将错误的边和正确的边对应起来,再通过替换纠错过程消除错误.在对T.tengcongensis(TT)和T.whipplei(TW)两个数据集的测试过程中,这种方法分别找出并修正了86%和83%的错误,而原欧拉序列拼接中的纠错算法对这两组数据集的纠错结果只有71%和53%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张华	清华大学计算机科学与技术系	24	410	10.0	20.0
2	郑纬民	清华大学计算机科学与技术系	181	2698	27.0	46.0
3	王小川	清华大学计算机科学与技术系	3	26	2.0	3.0