含74个腺嘌呤poly(A)尾的猪水泡病病毒HK/70株3'非编码区的克隆及其特征分析

• 作者: 冯霞 刘在新 刘湘涛 吴锦艳 孙世琪 尚佑军 尹双辉 田宏 白兴文 谢庆阁 郑海学 郭建宏
• 来源期刊: 中国兽医科学
• 学科: 农学
• 关键词: 猪水泡病病毒 3′NTR poly(A) 二级结构 柯萨奇病毒B5
• 年，卷（期）: 2006,（1）
• 所属期刊栏目: 微生物学
• 页码范围: 7-12
• 页数: 6页
• 分类号: S852.659.6
• 字数: 3815字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4696.2006.01.004

摘要

应用3′RACE法降落式扩增并克隆了猪水泡病病毒(SVDV)HK/70株基因组3′端的真实序列.测序结果表明,所扩增的目的基因片段长4 200 nt,包括非结构蛋白编码区(P2和P3)、3′端非编码区和poly(A)尾,其中3′NTR位于终止密码子TAA之后,长99 nt,poly(A)至少含有74个腺嘌呤碱基.经与参考毒株进行序列比较,结果显示, HK/70株与J1′73、H/3′76和AUG/22/90株的核苷酸同源性较高,为99.0%(仅第65位碱基不同),而与NET/1/92参考毒株的核苷酸同源性较低,为83.3%,与人柯萨奇病毒B5 UK/54株(UK/54-CB5)的同源性为75.7%.同时对3′NTR的二级结构进行分析,并与参考毒株和CB5毒株的二级结构进行了比较.结果表明,它们具有协同变异性,有共同的祖先,显示出3′NTR存在支持其功能所必需的一些结构域.