噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析

• 作者: 朱军民 李明 胡福泉 谭银玲 饶贤才 黄建军
• 来源期刊: 中华烧伤杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 细菌噬菌体 基因组 假单胞菌,铜绿 生物信息学
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 快速通道
• 页码范围: 96-100
• 页数: 5页
• 分类号: R644
• 字数: 4248字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2006.02.005

摘要

目的对分离的铜绿假单胞菌噬菌体PaP1进行全基因组测序,并进行初步的生物信息学分析,为噬菌体的改造及其治疗奠定基础.方法采用鸟枪法随机测序和重叠群组装的策略对PaP1进行基因组测序,并通过EditSeq、开放读码框架(ORF)finder、GeneMarkTM、BPROM、FindTerm、Palindromes、Equicktandem及FAStRNA等软件对所获得的基因组序列的一般特征、蛋白质同源性序列及tRNA基因等进行分析和预测.结果PaP1基因组约为90000 bp,其中最大重叠群为28 249bp.在已获得序列中预测出120个ORFs、41个推定基因及9个簇集在5'末端的tRNA基因.在41个推定基因中,预测出编码DNA末端酶大亚单位、DNA解旋酶B亚单位、肽聚糖结合蛋白及3个尾丝蛋白等6个基因的功能.结论鸟枪法只能测出噬菌体基因组PaP1的部分序列,重复序列的存在是该基因组测序困难的原因.