PHGA-COFFEE:多序列比对问题的并行混合遗传算法求解

• 作者: 刘立芳 王宝树 霍红卫
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 多序列比对 并行混合遗传算法 动态规划
• 年，卷（期）: 2006,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文与技术报告
• 页码范围: 727-733
• 页数: 7页
• 分类号: TP1
• 字数: 5368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0254-4164.2006.05.007

摘要

设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGA-COFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了六种遗传算子,特别是设计了两种新颖的变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的.与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化,其运行时间显著缩短.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王宝树	西安电子科技大学计算机学院	124	2305	25.0	43.0
2	霍红卫	西安电子科技大学计算机学院	29	436	11.0	20.0
3	刘立芳	西安电子科技大学计算机学院	32	133	6.0	10.0