面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究

• 作者: 冯圣中 刘新春 卜东波 孙凝晖 徐琳 李晓民 谭光明
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: RNA 二级结构预测 FPGA 并行 流水
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文与技术报告
• 页码范围: 233-238
• 页数: 6页
• 分类号: TP301
• 字数: 5249字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0254-4164.2006.02.006

摘要

动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.