全基因组预测稻瘟菌的分泌蛋白

• 作者: 周洁 王宗华 郑士琴 郑武 陈继圣 鲁国东
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 稻瘟菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
• 年，卷（期）: 2006,（12）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 2474-2482
• 页数: 9页
• 分类号: S4
• 字数: 5658字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0578-1752.2006.12.011

摘要

[目的]分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制.利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能.[方法]利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PI Predictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因.[结果]对11 108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1 235个ORF可编码分泌蛋白.[结论]经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究分泌蛋白组学奠定了基础.