PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究

• 作者: 于振洋 尹大强 朱昊巍 杨柳燕 肖琳 蒋丽娟 赵兴青 陈灿 马喆
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 沉积物 微生物多样性 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 16S rDNA 序列测定
• 年，卷（期）: 2006,（11）
• 页码范围: 3610-3616
• 页数: 7页
• 分类号: Q93
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-0933.2006.11.012

摘要

采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、莫愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16S rDNA的PCR扩增结果约为 626 bp,为 16S rDNA V3～V5 区特异性片段.玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20 种优势菌群,且同一湖泊不同采样点DGGE 图谱的差异性不大,细菌群落结构具有较高的相似性,而太湖样品DGGE 条带的数目和位置表现出明显差异,且不同采样点图谱的差异性较大.三湖泊除具有特征性的微生物种属外,还分布约5个相同的细菌种群,可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关.对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序,结果显示其优势菌群具有不同的序列组成,其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99%,2个序列的同源性为96%和93%,其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养.