渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题

• 作者: 陈娟 陈崚
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 多序列比对 蚁群算法 渐进比对方法 后验概率 概率一致性
• 年，卷（期）: 2006,（21）
• 所属期刊栏目: 学术探讨
• 页码范围: 38-42
• 页数: 5页
• 分类号: TP37|O141.3
• 字数: 6019字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-8331.2006.21.011

摘要

在所有多重序列比对算法中,渐进比对方法由于简单的算法和高效的计算在生物信息学中得到了广泛的应用.但是渐进方法最大的缺点是在早期阶段形成的错误不能在后期的计算中纠正过来.针对这个问题,我们设计了ProAnt比对算法,即渐进方法和蚁群算法相结合来求解多重序列比对问题.首先,对输入的多个序列进行预处理,用蚁群算法和概率一致性更新计算出所有字符对在最终比对中出现的概率,称为"后验概率",计算后验概率是为了预防早期错误的发生.然后我们将后验概率作为字符对之间的匹配得分,用渐进方法得到最终的比对结果.用BAliBASE数据库对算法进行测试,实验结果显示,该算法能够在保持合理的运算时间的前提下显著改善渐进比对方法的正确性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈崚	扬州大学信息工程学院计算机系	150	1914	19.0	39.0
5	陈娟	扬州大学信息工程学院计算机系	55	273	9.0	14.0