基于SSE2的Smith-Waterman算法

• 作者: 冯圣中 张庆丹 徐琳 戴正华 谭光明
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: Smith-Waterman 算法 细粒度并行算法 SIMD SSE2
• 年，卷（期）: 2006,（11）
• 所属期刊栏目: 学术探讨
• 页码范围: 85-87
• 页数: 3页
• 分类号: TP301
• 字数: 3404字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-8331.2006.11.027

摘要

Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制.文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Smith-Waterman细粒度并行算法SWSSE2,在相似性显著的情况下比普通的SW算法性能提高5倍,且与测试集无关.一般相似性不显著的情形下,同目前最好的动态规划细粒度并行算法SWMMX相比可以获得1.5倍的加速比.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐琳	中国科学院计算技术研究所	21	312	9.0	17.0
5	冯圣中	中国科学院计算技术研究所	21	116	5.0	10.0
6	谭光明	中国科学院计算技术研究所	16	34	4.0	5.0
10	戴正华	中国科学院计算技术研究所	1	5	1.0	1.0
14	张庆丹	中国科学院计算技术研究所	1	5	1.0	1.0