一种大豆SNP分型新方法

• 作者: 关荣霞 刘章雄 常汝镇 李英慧 袁翠平 邱丽娟
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 SNP 分型 片段长度差异等位基因特异性PCR
• 年，卷（期）: 2007,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 447-453,459
• 页数: 8页
• 分类号: S565.1
• 字数: 4597字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-9841.2007.04.001

摘要

单核苷酸多态性(SNP)在大豆基因组中分布广泛,SNP分型是大豆SNP遗传作图,关联分析、分子标记辅助选择等研究的重要技术.本文以Rhg4基因开发的5个SNP为例,介绍了一种大豆SNP分型的新方法-片段长度差异等位基因特异性PCR(FLDAS-PCR).采用AS-PCR原理,针对某个SNP位点设计2条相差4-5bp的特异引物和1个公用引物,PCR产物约100bp或150bp,2种等位基因型PCR产物相差4-5bp,在2个特异引物3'端第3和4碱基位置分别人为引入错配碱基来提高PCR特异性,通过6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳可将纯合和杂合基因型检测出来.探讨了特异引物浓度和退火温度对Rhg4-1592扩增效果的影响,研究表明,可通过调整特异引物浓度和退火温度优化扩增效果.FLDAS-PCR对18份种质分型结果与PCR产物克隆测序法一致,表明本研究建立的FLDAS-PCR法是一种简便、快捷、新型的大豆SNP分型方法.