拟南芥和水稻cystatin基因家族的生物信息学分析

• 作者: 徐辰武 杨泽峰 许花 顾世梁
• 来源期刊: 扬州大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 水稻 半胱氨酸蛋白酶抑制剂 基因家族
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 页码范围: 51-57
• 页数: 7页
• 分类号: Q349|Q943
• 字数: 5531字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-4652.2007.03.013

摘要

利用已经分离的植物半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因家族的成员进行分析;同时利用这些基因编码的蛋白质序列构建系统发生树,并对这些蛋白序列的保守序列进行分析;最后在GenBank的EST数据库中查找这些基因的ESTs表达序列.结果表明: ①结合结构域的鉴定、多序列联配以及MEME分析最终确定了7个拟南芥和11个水稻的cystatin基因.②系统发生分析表明, cystatin基因的基本特征很可能是在拟南芥和水稻的分离之前就已经形成.③ cystatin结构域在蛋白质间高度保守.④ 拟南芥和水稻的cystatin基因主要在花、叶、根、种子和愈伤组织中表达,这有助于植物避免昆虫的侵害.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐辰武	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室	66	988	18.0	29.0
2	顾世梁	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室	40	1387	17.0	37.0
3	杨泽峰	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室	21	111	6.0	10.0
4	许花	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室	2	20	2.0	2.0