基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点

• 作者: 李前忠 杨科利 林昊
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性
• 年，卷（期）: 2007,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 14-17
• 页数: 4页
• 分类号: Q612|Q615
• 字数: 4020字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-311X.2007.01.005

摘要

目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法.方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测.结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%.结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李前忠	内蒙古大学理工学院物理系	87	366	11.0	15.0
2	林昊	内蒙古大学理工学院物理系	14	79	4.0	8.0
3	杨科利	内蒙古大学理工学院物理系	7	55	3.0	7.0