猪JARID1C基因的cDNA克隆、生物信息学及组织表达谱分析

• 作者: 伊璐 徐银学 杨彤彤 王邵兵 邢宝松 郝振华
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 JARID1C基因 cDNA克隆 生物信息学分析 基因表达
• 年，卷（期）: 2007,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1088-1096
• 页数: 9页
• 分类号: S8
• 字数: 1797字
• 语种: 中文

摘要

JARID1C是高度保守的ARID蛋白家族的成员,该家族的蛋白参与并引起一系列生物学效应,如染色质重塑、细胞增殖与分裂、个体发育以及基因转录调控.JARID1C在人脑中表达丰富,对脑的发育和维持正常功能具有重要作用,突变可引起智力迟钝.本研究采用电子克隆(in silico cloning)的方法并结合5'末端快速扩增技术(RACE),从猪卵巢中克隆到JARID1C的全长cDNA序列(GenBank登录号:EF139241).猪JARID1C基因的cDNA全长5,908bp,包括4,551 bp的开放阅读框(ORF)、522bp的5'非翻译区(5'UTR)和835 bp的3'非翻译区(3'UTR),polyA加尾信号序列AATAAA位于5,881 bp和5,886bp之间.生物信息学分析揭示JARID1C蛋白含有1517个氨基酸残基,定位于细胞核中,该蛋白含有5个保守的结构域:JmjN结构域、ARID结构域、JmjC结构域、C5HC2锌指结构域和PHD锌指结构域.应用ClusterW程序分别对猪、狗、小鼠、大鼠、人和猿的JARID1C核苷酸序列和氨基酸序列进行多重序列比对,发现猪的JARID1C与其他哺乳动物具有很高的相似性.借助Mega 3.1软件,采用N-J算法构建JARID1亚家族蛋白的系统进化树,揭示不同物种的进化关系.应用实时荧光定量PCR技术分析该基因在不同组织的表达差异,结果表明该基因在各组织均不同程度地表达,其中在肺和骨骼肌表达水平最低,而在脑和性腺表达水平最高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐银学	南京农业大学动物科技学院	55	455	10.0	19.0
2	杨彤彤	南京农业大学动物科技学院	4	9	2.0	3.0
3	伊璐	南京农业大学动物科技学院	3	12	2.0	3.0
4	郝振华	南京农业大学动物科技学院	3	12	2.0	3.0
5	邢宝松	南京农业大学动物科技学院	2	12	2.0	2.0
6	王邵兵	南京农业大学动物科技学院	1	3	1.0	1.0