云南省保存有20多万亩古茶园,这些古茶树(阿萨姆变种Camellia sinensis var. assamica)种质资源可能含有各种优良基因,对未来茶树良种选育有重要意义.本研究采用ISSR分子标记技术对云南省十个有代表性的古茶园遗传多样性进行分析,十个居群的多态位点百分率(P)为56.5%~90.9%;Nei'氏遗传距离(He)居群平均是0.281,阿萨姆变种水平内是0.461;Shannon多样性指数(Ho)居群平均是0.418,阿萨姆变种水平内是0.653.而居群间遗传分化系数Gst=0.391,和Shannon多样性指数分析(36.0%)和AMOVA分析结果(39.7%)相一致,说明阿萨姆变种60.9%的遗传变异来自居群內的个体间,39.1%的遗传变异来自居群间.研究结果揭示阿萨姆变种居群遗传多样性高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化,这可能是由于茶树种内高度异交的特性和生境片段化所致.基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略.