水稻紫色种皮基因Pb的精细定位与候选基因分析

• 作者: 王彩霞 舒庆尧
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 紫色种皮 Pb基因 精细定位 Ra基因
• 年，卷（期）: 2007,（21）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 2517-2523
• 页数: 7页
• 分类号: S5
• 字数: 7516字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074x.2007.21.009

摘要

紫米因其种皮内花色素苷的沉积而着色. 控制种皮着色的Pb基因位于水稻第4染色体, 紫色种皮对白色种皮呈显性. 本研究利用培矮64S (白米)×豫南黑籼糯(紫米)和培矮64S×川黑糯(紫米)两个F2分离群体对Pb基因进行了精细定位. 首先用SSR标记将Pb基因初步定位在距微卫星位点RM3820下游0.79 cM的位置. 然后, 通过在候选区域内发展高密度的InDel标记和CAPS标记, 将Pb基因限定在两个InDel标记RID3与RID4之间25 kb范围以内. 在该区段内, TIGR水稻基因组(R.5)标有两个注释基因: 一个为与玉米Lc基因同源的Ra, 为控制花色素苷代谢的Myc类转录因子; 另一个为与拟南芥TT8同源的bhlh16, 也与植物色素代谢有关. 根据两者的性质和前人相关研究结果, 推测Pb与Ra实为同一个基因. 序列分析结果表明, 与白米品种培矮64S, 9311 (籼)和日本晴(粳)相比, 豫南黑籼糯和川黑糯中Ra基因第7外显子存在一个GT缺失. 根据GT缺失发展了一个CAPS标记CAPSRa, 并对两个F2分离群体和100余份水稻品种进行分析. 结果发现, 所有F2白米单株以及所有白米(n = 63)和红米(n = 23)品种的CAPSRa基因型与培矮64S相同, 而所有紫米品种(n = 20)与豫南黑籼糯和川黑糯相同. 据此推测, 水稻紫色种皮性状可能由Ra基因第7外显子内的GT缺失引起.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	舒庆尧	浙江大学原子核农业科学研究所农业部及浙江省核农学重点实验室	126	3373	34.0	50.0
2	王彩霞	浙江大学原子核农业科学研究所农业部及浙江省核农学重点实验室	3	87	3.0	3.0