水稻和拟南芥中几丁质酶的分析

• 作者: 何月秋 范成明 许凤华
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 农学
• 关键词: 几丁质酶 水稻 拟南芥 分泌特性 系统发育
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 138-150
• 页数: 13页
• 分类号: S5
• 字数: 1563字
• 语种: 中文

摘要

几丁质酶(EC3.2.1.14)是一种降解几丁质的糖苷酶,广泛存在于各种生物体中,并在植物中对病原真菌起重要抗性作用.首先通过BLAST在GenBank中对其同源性进行搜索,用SMART分析其结构.基于水稻和拟南芥的基因组注释,借助4个生物学软件(SignalP3.0,TMHMM2.0,TargetP1.1 and big-Pi Predictor),分析了水稻所有37条和拟南芥所有24条几丁质酶序列,发现有些几丁质酶都分泌到细胞外,有些定位于液泡中,水稻中仅25条和拟南芥中仅16条几丁质酶序列有信号肽,这些信号肽的平均长度为24.8aa.利用Clustal X和MEGA3.1两个生物软件分析了59条几丁质酶序列和25条标准几丁质酶的系统发育关系,这些几丁质酶可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ等6大类.这种聚类结果与几丁质酶传统分为7类有些差异.通过对6大类中各个氨基酸残基的分析,发现丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸和亮氨酸的使用频率在每类中都非常高,而蛋氨酸、组氨酸、色氨酸和半胱氨酸均低于20%.各大类中彼此之间的某些氨基酸使用频率明显不同,Ⅰ-Ⅵ分别富含丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、半胱氨酸、丝氨酸和赖氨酸.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何月秋	云南农业大学植物病理重点试验室	167	1909	24.0	36.0
2	范成明	云南农业大学植物病理重点试验室	13	291	9.0	13.0
3	许凤华	云南农业大学植物病理重点试验室	2	21	2.0	2.0