幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制

• 作者: 刘文忠 卢莉琼 史耀舟 萧树东 赵国屏 韩跃华
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 幽门螺杆菌 基因组DNA芯片 研制
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 244-247
• 页数: 4页
• 分类号: R3
• 字数: 3574字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2007.03.009

摘要

目的 研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片.方法 以H.pylori 26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)＜0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1).使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量.结果 研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori 26695为1 549个,H.pylori J99为87个.信噪比(S/N)＜2的基因点数约为10%.芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori 26695)和7.21%(H.pylori J99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori 26695)和0.24%(H.pylori J99).芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%.结论 成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩跃华	浙江大学医学院附属第二医院消化科	8	18	2.0	4.0
2	刘文忠		2	0	0.0	0.0
3	赵国屏		4	75	3.0	4.0
4	萧树东		2	6	1.0	2.0
5	史耀舟		2	10	1.0	2.0
6	卢莉琼		1	0	0.0	0.0